有专家认为，长期食用生冷食品对肠胃健康有害无益，而功夫茶因为其泡制的复杂程序，对于人的肠胃也是巨大的考验。在“2008全国肿瘤高峰论坛”上，腌制食品及潮汕功夫茶甚至被广东医学界列入肠胃杀手行列。
近年因喝功夫茶引发食道癌的个案确实越来越多，主要原因是功夫茶讲究温度高及高浓度，人的食道黏膜会容易被烫伤，不断饮用的话，未复元又再烫伤，会造成溃疡，可能导致癌症。同时，饮用过多浓茶，会刺激胃，引起胃炎及溃疡等。而2005年在韩国进行的一个有关胃癌风险的研究则显示，大量进食韩国泡菜的人，50%有患上胃癌的风险。
专家观点：喝功夫茶要注意浓度和温度。
“世界上没有绝对的垃圾食品，只有垃圾吃法。”在谈到功夫茶的时候，专家强调，茶本身是一种对人体有益的食品，例如有研究证实绿茶就能帮助预防心脑血管疾病。
“关键在于我们怎么喝。”专家建议，虽然有医学专家认为功夫茶对胃肠健康有危害，关键是针对茶的温度和浓度。因此，市民只要不喝太浓和太烫口的功夫茶，而且每天喝的量适可而止，那这种传统的广东饮食文化还是很值得保留的。