临床观察发现，贲门癌具有自己的解剖学组织学特性和临床表现，其发病原因比较复杂，专家经过多年的研究发现，贲门癌的高危因素主要有以下三种：
1、贲门癌病因之家族遗传：调查发现，无论在贲门癌高发区或低发区均可以找到贲门癌的高发家族。说明有明显的家族性聚集现象。但是这种家族聚集现象是出于遗传因素所致抑或出于家族成员在相当长的一段时间中接受相同的环境致癌因素所致，目前尚无定论。
2、贲门癌病因之幽门螺杆菌感染：据有关调查研究显示幽门螺杆菌感染是贲门胃底癌发生的协同因素之一，根除幽门螺杆菌可能是一种预防措施之一。
3、贲门癌病因之饮食、环境因素：饮食不良习惯如吸烟、酗酒、食物过热、过粗、过硬，或进食亚硝胺类化合物、发酵和霉变食物以及营养缺乏或体内微量元素的摄入不足等均有可能导致贲门癌的发生。
目前比较被承认的观点是贲门癌起源于贲门腺的颈部干细胞，因有多方向分化的潜能，可以形成具有贲门或腺上皮特点的腺癌。多数贲门癌的光镜、电镜和组化研究发现是混合型，是该观点的有力支持，不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。当他们发生不典型增生的改变时才可能癌变，其中结肠型化生多数具有不典型增生的性质。
河南省中医食道癌研究所、北京国医药研究院附属河医医院中医肿瘤研治中心、中医食道癌治疗中心是一家专门研究、治疗食管癌、贲门癌、胃癌的科研、临床机构。由三十多位知名肿瘤专家组成，经过多年的潜心研究和临床试验，共同研制出了抗癌系列特效纯中药。采用“三位一体疗法”主要治疗食管癌、贲门癌、胃癌所引起的噎食倒食、粘痰不断、入食即吐、反流食、吞咽困难、消瘦、声音嘶哑、胸闷、乏力、病灶反射性疼痛等不同症状都有良好的效果。